姚启胜感觉到战争在所难免，因为他知道谈来的总没有打来的实在。于是重新开始建造战船编练新的福建水师。期间，招降活动从未停止，他把漳州卫改为修来馆。用来专门招降郑家投降的官兵，这次招降啊，规模更大，条件也更加优厚。他，对投诚的这个官员啊，保留原职或按照原衔儿补官，士兵赏银20两到50两不等，招抚政策作用非常明显，据统计姚启圣为了妥善的安排投诚的官兵，自掏腰包给他们安置费，仅仅是捐聊银两就有将近一万两。
到了康熙19年，也就公元一六八零年，姚启胜率领新的福建水师在金门，厦门大败郑军。郑军水师大将朱贵率两万多人，舰船300多艘，投降了清朝。这么一来郑经在大陆最后一块儿地盘失守，狼狈逃回台湾。沿海岛屿都被清军占领。从此之后，郑经沉迷酒色，不问政事。看来就是彻底失望了啊，知道自己没戏了，这才让长子郑克臧监国主政，结果几个月之后呢，郑经病死在了台湾。
他的两个儿子，郑克臧跟郑克塽为了争权夺位，又开始自相残杀。这就是老子带的好楷模，从他那边就开始自相残杀。郑克塽的岳父权臣冯锡范当场杀死了郑克臧，拥立年仅12岁的郑京次子也就是郑克塽袭延平郡王爵，史称东宁之变，但是当杀死郑经指定的继承人之后，台湾也是人心涣散。并且在不久又爆发了饥荒，其实冯锡范立幼主的目的就是把权力呀掌握在自己手郑不久终结了三藩之乱的康熙，得到了这个闽浙总督姚启胜的密报。听闻这个台湾，现在是主少国疑，觉得现在是收复台湾的大好时机。所以呢，下达了最新的招抚条件，大清不驻军，我们不在你那驻军，你们不用剃发，不用改衣冠，也不用登岸，就你们不用上大陆来，等于你明郑子孙誓守台湾，你称臣就校这是康熙历次招抚政策当中最优厚的一次结果。郑家这会儿死催的了。面对如此优厚的条件，依然不肯降清。康熙也就下定决心，攻台。
清廷当时讨论如何解决明郑问题，很多人反对武力攻台，而康熙帝认为时机已到，便作出支持征台的决策，准备攻台，要彻底解决台湾的势力曾经被李光地，姚启胜大力举荐的施琅也被派遣到厦门备战。施郎被派到厦门之后，一到任啊，就立刻上书，要求专征台湾。专征的意思是什么呢？就打仗的事儿，我一个人了算。当然了除了打仗其他的事情他也不管。
朝廷收到施琅的折子。同意了他的要求，所以到了康熙22年公元一六八三年的七月，福建水师提督施琅率领官兵两万余人，大型战船300多艘，中战船230多艘，以游击蓝理为先锋。分三路向澎湖进击，游击蓝理率七船冲镇击沉焚毁郑军舰船数艘。一开始，清军攻势，比较顺利。后来潮流方向发生了变化，清军互相冲撞，阵型就散了架，郑军开始反攻，施琅的旗舰冲入敌阵救出来了好几艘船，但是，在这次战斗当中，施郎的右眼被火铳打伤，还好没打瞎傍晚，双方休战三之后，6月22号清军又发动了总攻，战斗打响之后，清军借西南风优势，又是三路进攻。以舰船数量的优势分割包围敌舰，从早晨打到下午，炮火弓箭，交攻犹如雨点儿，可见啊，这战场上啊，硝烟弥漫，打得非常激烈。
先锋蓝理越战越勇，脱光了膀子，指挥战斗。刹时间，被一枚炮弹啊！这当然不是整个的炮弹啊，是弹片儿击中腹部，随军官兵，一看哎呀，不好游击大人肠子流出来了啊，众弟兄赶紧过来给他塞回去，帮他包扎好，蓝理又站起来指挥战斗，非常骁勇。就在肠子都出来的情况，他指挥又击沉了两艘战舰，烧死无数人清军士气大振，康熙在战后评价蓝血战破敌，功在首先！授予这个蓝里参将职务，后来呢，一路升到了福建陆路提督。当时明政的军队在刘国轩的指挥之下，也是奋勇作战啊，双方都杀红了眼。
激战当中，清军总兵朱贵战死，这个人本来也是明郑的降将，经过充分休整和准备的清军向澎湖郑军发起总攻。经过9时激战，清军取得全面胜利，共毙伤郑军官兵一万二千人，俘获五千余人。击毁、缴获郑军战船150余艘。郑军主将刘国轩乘船从北面的吼门逃往台湾。此役清军阵亡329人，负伤1800余人，整场决战还是以清军大获全胜而告终。
这下基本上台湾的武装力量不是清朝的对手了，此战首功在施琅，但是姚启圣起的作用也是很大，可见康熙在用人上师范非常懂得人尽其才的。
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