对于朱载坖的吩咐，朱翊釴当然是要执行的，但是这还是朱翊釴第一次对于两省的具体政务加以安排，同时朱翊釴也很清楚，此事恐怕很难善了，不仅仅是大量的官员可能因为此事会丢掉乌纱，更加重要的就是很有可能因此引发民变的，所以太子对于此事还是有些忐忑的。
对于太子的想法，朱载坖当然清楚，但是朱载坖放下这些奏疏道：“这些事情，你们去办，朕的事多。朕要把精力放在军事上。”
朱载坖倒不是和朱翊釴笑的，现在朱载坖的精力本来就大不如前，所以很多日常政务朱载坖都是交给太子处理的，而现在朱载坖最关心的就只有一件事情，也就是西域的战事，在隆庆二十七年开春之后，西域的战报终于送达，李成梁冒着风雪挺进伊犁河谷，并且将准噶尔部予以击败，生擒哈喇忽剌，这一份战绩确实是对得起李成梁的名将之名。
同时现在李成梁的情况也并不乐观，和蒙古人对峙了整个冬季，李成梁所统帅的官军虽然依靠准噶尔部的汗帐据守，多次挫败蒙古饶进攻企图，但是自身伤亡也极为严重，李成梁八千精骑出发，现在仅剩不到五千骑，而且粮秣物资等基本殆尽，亟待补给。
和李成梁的报捷文书一起来的是西域总督吴兑的奏疏，吴兑当然知道现在李成梁的情况危急，所以在李成梁和吴兑取得联系之后，吴兑就组织西域各卫所和驻军一共一万五千人，携带粮秣等物资前往驰援李成梁，同时增强李成梁部的实力，将准噶尔部彻底从伊犁河谷地带赶走。
同时李成梁还向朱载坖上疏，认为准噶尔部汗帐所在之处，地理位置十分之重要，李成梁请求在这里修筑城池，设立卫所加以守备，控制整个伊犁河谷地带，这点也得到了朱载坖的赞同，朱载坖也认同了李成梁的这个看法，命令在准噶尔部汗帐所在地修筑城池，设立卫所，朱载坖亲自赐名伊宁卫，去伊犁安定之意，同时在簇迁移卫所军士，屯垦戍边。
而吴兑则是向朱载坖上疏请求接济粮秣等物资，朝廷在西域的屯田才刚刚开始，所获不多，现在必须要朝廷加以支援才行，所以吴兑请求朝廷再度向轮台等地转运粮秣，同时将储存于交河等地，原本用来准备给今年征讨西域南部大军所支用的部分粮秣予以借支，先提供给李成梁部使用。
朱载坖同意了吴兑的请求，命令兵站都司继续向轮台等地转运粮秣，同时在陕甘雇佣百姓，帮助朝廷运输粮秣，大军准备进剿，对于叶尔羌汗国的用兵，是朱载坖谋划很久的事情，现在终于得以实施了，这是朱载坖现在最关键的事情，同时重臣们也很清楚，能够将西域纳入大明的版图，然后加以治理，对于现在的大明来已经是极限了，所以重臣们也对此事很重视。
为了支援西域的作战，朱载坖再度对于西域的军事指挥体系加以更易，朱载坖将西域南北分为两位不同的防区，北方仍由征西大将军、襄国公李成梁负责，同时李成梁仍旧是西域的最高军事统帅，全权负责西域战事，但是李成梁主要是在西域北方对于卫拉特四部，现在对于西域南部的战事确实是无暇顾及。
所以有鉴于此，朱载坖准备任命一位镇西大将军，统帅大军征讨叶尔羌汗国，同时命令陕甘等出地方官府准备足够的粮秣，发运军前，朱载坖之前就已经在陕甘等处以及交河、哈密等地囤积军粮，以备征战，这次朝廷再度兴师，兴兵二十万，征讨叶尔羌汗国，也算是大明兴师极多的一场大战了。
朝廷在西域所投入的兵力已经达到了二十八万余，是现在大明用兵最多的地方，在用谁担任统帅这个问题上，朱载坖是思虑了很久的，兵部尚书梁梦龙举荐杜松兄弟，杜松兄弟以勇悍闻名，这点朱载坖是很清楚的，但是杜松勇而乏谋，这点也是朱载坖所担心的事情，杜松初由舍人从军，累功为宁夏守备，迁东路副总兵。寻起孤山副总兵，擢都督佥事。
其兄杜桐以世廕入仕，历任清水营守备，以谋勇着称。迁延绥入卫游击将军，改古北口参将，经总督梁梦龙推荐擢延绥副总兵，累迁至署都督佥事、总兵官，官至右都督，镇守延绥、保定、宁夏等地。杜松兄弟确实是以勇悍闻名，同时梁梦龙认为他们是沙场宿将，又久在西北，熟悉情况，所以梁梦龙举荐他们兄弟。
但是遭到了提督参谋军务总署军机大臣李如松的坚决反对，李如松认为杜氏兄弟勇而无谋，只可为将，不可为帅，这下一下子引起了梁梦龙和科道的弹劾，他们对于李如松不满不是一两了，他们认为李如松骄横跋扈，同时李如松否决杜松兄弟，是因为李如松之父李成梁现任征西大将军，李如松不愿有人去分他父亲的权力，所以反对。
在战场上李如松可以所向披靡，但是要论起晚笔杆子，十个李如松都不是这些两榜进士的对手，李如松被他们怼的是无话可，只得向朱载坖告病摆烂。
朱载坖得知此事之后，派内侍要求李如松回衙理事，现在正是朝廷用兵之时，参谋军务总署作为朝廷的军令机关，岂可一日无人，至于任用谁为将，那是朱载坖圣裁的事情。
朱载坖召集军机大臣们，商讨用兵西域的事情，现在最重要的就是征讨叶尔羌的主帅问题，朱载坖之前也派遣勋臣前往统兵，但是朱载坖对于他们统御大军的能力还是有很大的怀疑的，主帅必须选择一个有能力指挥大兵团作战的将领才行，这点是极为重要的。
朱载坖和军机大臣们齐聚一堂，商量主帅的问题，梁梦龙和李如松两人对视一眼，都是极为不服气。
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